Eesti muuseumiajalugu ulatub 18. sajandi teise poolde, kui Eesti muuseumimaastik hõlmas endas pigem erakogujate kuriositeetide kabinette. Tallinnas oli tuntuimaks erakogujaks raeapteeker Johann Burchard, kelle kollektsioon hakkas kujunema aastal 1802. Sellesse Mon Faible nime kandnud erakogusse kuulusid nii antikviteedid, mündid kui ka loodusteaduslikud kogud. Samuti alustasid 19. sajandi alguses kogumist ja eksponeerimist Tartu Ülikooli juures tegutsevad loodusmuuseum ja kunstimuuseum.
Kui 1838. aastal asutatud Õpetatud Eesti Seltsi plaanist luua ka üldine Eesti rahva, keele, kirjanduse ja aja lugu jutustav muuseum ei saanud esialgu asja, siis 1864. aasta novembris avati Eesti Kirjanduse Ühingu kogudest välja kasvanud Eestimaa Provintsiaalmuuseum. Esialgu Kanuti gildi hoones tegutsenud muuseumil olid kultuuri- ja kunstilooline, aga ka loodusteaduslik kogu. Hiljem lisandus ka raidkivide kogu ning esemeid mitmetest kirikutest.
Provintsiaalmuuseumi üheks olulisimaks tegevussuunaks oli looduse uurimine, millele hakati endisest rohkem tähelepanu pöörama 1870. aastal, kui EKÜ presidendiks sai loodushuviline parun Alexander von Pahlen. Eriti tähtsaks muutus see aastal 1875, kui asutati uus sektsioon kodumaa looduse uurimiseks. Loodusteaduslik materjal hakkas jõudsalt kasvama, põhiliselt annetuste kaudu ja eriti pärast väljapanekute avamist. Tähtsaim sel ajal lisandunud kogu on dr G. A. von Rauchilt pärandina saadud linnutopiste kogu, samuti lisandus lindude ja loomade skelette Burchardi kollektsioonist ning loomatopiseid K. E. von Baerilt. Eksponeeriti ka piirituses hoitud kahepaikseid ja kalu ning koralle, mineraale ja herbaariume. Eestimaa provintsiaalse loodusteaduse sektsioonis tehtud uurimistööd, eriti geoloogia-alased, äratasid tähelepanu välismaalgi.
Kui varem kasutati varade hoidmiseks ja eksponeerimiseks rendipindu, siis 1911. aastal koliti päris omasse muuseumimajja. EKÜ omandas Eestimaa Rüütelkonnalt endise Ungern-Sternbergi aadlielamu Toompeal aadressil Kohtu 6, kus sama aasta lõpus avati ka uus püsiekspositsioon. Eesti oli saanud uue uhke muuseumi, mis oli avatud kolmel päeval nädalas kolm tundi. Pileti hinnaks oli 25 kopikat, õpilastele 15 kopikat. Iseäranis olid oodatud koolilapsed, sest nagu muuseumi asutaja Leopold von Pezold tavatses öelda: “Oma silmaga nägemine õpetab lapsi rohkem kui kirjeldamine“.
Eesti Vabariigi ajal jätkas muuseum tegevust registreerituna Haridusministeeriumi kunsti- ja muinsusosakonnas. 1926. aastast nimetati muuseum Eestimaa Kirjanduse Ühingu Muuseumiks, seega pöörduti tagasi oma algse nime juurde. Loodusteaduste sektsioon kandis aga 1920. aastast nime Eesti Kirjanduse Ühingu loodusteaduste sektsioon.
1939. aastal sõlmitud Molotov-Ribbentropi pakt hävitas balti-saksa institutsioonid Eestimaal. Enamik Eesti Kirjanduse Ühingu liikmeid asus ümber Saksamaale ja ühing lõpetas tegevuse. Pärast Eesti okupeerimist 1940. aastal kuulutas Nõukogude võim kõik muuseumid riigistatuks. Provintsiaalmuuseumile kuulunud loodusteaduslike varade säilitamiseks loodi 1941. aastal ENSV Riiklik Loodusteaduste Muuseum. Samal aastal anti Provintsiaalmuuseumi fondid üle ja paigutati Hariduse Rahvakomissariaadi vahendusel Lai 29 tänavaäärsesse majja saadud esimese ja teise korruse tubadesse. Provintsiaalmuuseumi kogudest sai Loodusmuuseum ligi 90 000 säilikut.
Muuseumi teaduslikuks töötajaks ja juhataja kohusetäitjaks sai 1940. aastal Tartu Ülikooli lõpetanud zooloog Eerik-Madis Kumari. Kokku töötas sel perioodil muuseumis kaheksa töötajat: lisaks kolmele teaduslikule töötajale preparaator, raamatupidaja, masinakirjutaja, koristaja ja majahoidja-kütja.
1942. aastal hävis pommitabamuse tõttu üle 10% muuseumi kogudest, muuhulgas 62 linnutopist, 1616 linnumuna, 3 imetajatopist, 227 sarve ja loomaluud, 6757 putukat. Sõjategevuse tõttu kannatanud hoonest hakati muuseumikogusid ümber kolima Lai 29 hoovis asunud majja, mis pommitamises suuremaid kahjusid ei kandnud. 1880. aastal esialgselt kortermajaks ehitatud hoones tegutseb Eesti Loodusmuuseum tänapäevani.
1944 algas Tallinnas hoogne taastamisperiood. Muuseum tuli sisuliselt nullist üles ehitada, sest kuigi vahepealsetel aastatel oli tegeletud uurimis- ja kogumistööga, ei olnud jõutud fonde korrastada ega ekspositsiooni koostada. Samuti vajas muuseum hädasti remonti. Ametlikult alustas muuseum tööd 15. detsembril 1944.
Rahvale avati muuseum uuesti 1946. aasta veebruaris. Sissepääs oli prii ning esimesel kolmel kuul külastas muuseumi üle 8000 inimese. Ideoloogilised ja poliitilised teemad olid muuseumi näitustel möödapääsmatud. Koostati muuhulgas näitusi teemadel: „Suur stalinistlik põuarünnakuplaan“ (1950) ja „Kommunismi suurehitused ja metsaistandike rajamine“ (1951). „Stalinistlik looduse ümberkujundamise plaan“ (1951) muutus lausa mitmeaastaseks rändnäituseks. Viie- ja kuuekümnendatel käisid muuseumitöötajad aktiivselt pioneerilaagrites, kus korraldati looduspäevi, ekskursioone ja viktoriine.
Pikima ajalooga seenenäituste traditsioon algas 1946. aastal botaanikaosakonna juhataja Gustav Vilbaste algatusel. Mõnede vahele jäänud aastate kiuste, tähistab seenenäituse traditsioon sel sügisel 62. toimumiskorda.
Nõukogudeaegses muuseumis süvenes mõte reklaami vajadusest. Uudised näituste avamisest olid tihedad külalised Nõukogude Õpetaja ja Rahva Hääle veergudel. Neljakümnendate lõpul hakati otsima teisi teid sidemete loomiseks elanikega, sest täiskasvanute osa külastajaskonnas oli väike. Alustati vestluste pidamist tehastes ja koolides. Aruannetest nähtub, et käidi Balti Manufaktuuris, Tarbeklaasis, Karamellis, Margariinitehases ja mujal. 1951. aastal organiseeriti valgusreklaam kinosse „Oktoober“, kus enne seansi algust näidati näituseteemalist diapositiivi.
Suurem ekspositsioonide uuendamine algas 1967. aastal. Seoses bioloogias mõjule pääsenud ökoloogiliste uurimis-suundadega otsustati väljapanekud üles ehitada ökosüsteemide põhimõttel. Valmisid ekspositsioonid “Meri” (1972), “Siseveed” ja “Sood” (1974) , “Metsad ja niidud” (1977) ja “Eesti geoloogia” (1980).
Praegu on Eesti Loodusmuuseum Kliimaministeeriumi hallatav riigiasutus. Muuseumi külastab aastas ligikaudu 50 000 loodushuvilist. Muuseumi geoloogilised kogud on kättesaadavad geokogude infosüsteemist SARV ning bioloogilised kogud PlutoF infosüsteemi kaudu. Endiselt Laial tänaval tegutsevas muuseumis on kolmel korrusel Eesti loodust tutvustavad väljapanekud. Uute elamustega kostitab külastajaid vahelduv näitus, milleks alates oktoobrist 2023 on "Puudega linn".
Muuseumirahvas töötab selle nimel, et varsti oleks Tallinnas suur ja veel põnevam loodusmuuseum. Uue Loodusmaja ehitus juba käib ja see valmib 2026. aastal. Uue püsiekspositsiooni avame Lennusadama kõrvale kerkivas Loodusmajas juba 2027. aasta alguses. Loe uuest majast ja sellega seonduvatest plaanidest täpsemalt alajaotusest Uus muuseum >>>