Eesti Loodusmuuseumi kogudes olevad eksemplarid on kogutud pea 200 aasta jooksul. Täna on muuseumikogus hoiul ligikaudu 330 000 säilikut, mille iga eksemplar on kordumatu tõend kindlas ajas ja kohas eksisteerinud liigist või sündmusest. Suur osa kogudest on digitaalsel kujul nähtavad portaalides eElurikkus ja Eesti geokogud.
Selline varamu annab võimaluse uurida protsesse looduses nii minevikus kui ka tänapäeval ning aitab teadjama pilguga vaadata tulevikku. Näiteks on võimalik kogudes peituva teabe põhjal uurida kliimamuutuste mõju liikidele, keskkonnamürkide levikut või elurikkuse kadu; kogude eksemplaride põhjal koostatud näitused ja loodusõppe programmid aitavad kujundada loodushoidlikumat hoiakut. Loodusmuuseumi kõik kogud on järjest täiustuvate teadmiste ja säästvama eluviisi teenistuses.
Kogudele pani aluse 1864. aastal loodud Eestimaa Provintsiaalmuuseumi loodusteaduslik kogu. Selle põhjal loodi 1941. aastal Eesti NSV Riiklik Loodusteaduste Muuseum, millest on tänaseks saanud Eesti Loodusmuuseum.
Eesti Loodusmuuseumi kogude häid säilitamis- ja uurimistingimusi on aidanud tagada Euroopa Regionaalarengu Fond prioriteetse suuna «Eesti teadus- ja arendustegevuse konkurentsivõime tugevdamine teadusprogrammide ja kõrgkoolide ning teadusasutuste kaasajastamise kaudu» alameetme «Riikliku tähtsusega teaduse infrastruktuuri kaasajastamine» projekti rahastamise kaudu ning SA Keskkonnainvesteeringute Keskus.